桥本甲状腺炎在早期主要的危害就是甲状腺肿大，有部分患者可能会出现吞咽活动受限。如果合并甲减，主要的危害会导致人体代谢减慢，特别是怀孕期间桥本引起的甲状腺功能减退，会影响胎儿脑神经功能发育。
早期的桥本甲状腺炎不需要特殊治疗，仅需要动态观察甲状腺功能和甲状腺超声的变化就可以。甲状腺超声的目的，是观察甲状腺的大小，以及对周围组织有没有造成压迫；而甲状腺功能检查的目的是明确有没有甲状腺功能减退症。如果合并甲减，需要长期补充甲状腺激素替代治疗。
