子宫内膜异位症的危害主要会导致进行性痛经和不孕，子宫内膜异位症有可能会癌变，但是几率较低。
子宫内膜异位症对女性身体健康的危害是比较大的，最主要的表现就是进行性痛经，在月经期痛经的症状逐渐加重，可出现小腹部、腰骶部剧烈疼痛，严重影响患者的生活，甚至有些患者不能正常工作，需要靠口服止疼药来度过月经期；还有一个危害是不孕，不孕症的患者几乎40%是由子宫内膜异位症导致的，而且没有好的治疗方法。
子宫内膜异位症出现卵巢巧克力囊肿或者盆腔包块较大、反复复发，是有可能会癌变的，如果血清肿瘤标记物升高，或者影像学提示囊腔出现小乳头要高度警惕癌变。
