重症肌无力的治疗包括多个方面，首先最主要的就是药物治疗。药物治疗包括胆碱酯酶抑制剂，还有免疫抑制剂治疗。还有一种方式是直接去除血液里面的乙酰胆碱受体抗体，可采用血浆置换的方式。最后，患者还可以遵医嘱注射免疫增强剂，或者采用中医中药治疗。除了药物治疗以外，通过手术治疗，直接将胸腺切除也是重要的治疗方式之一，一般可以让90%合并胸腺异常的患者症状得到缓解。胸腺切除主要还是适用于全身型以及无手术禁忌症的患者，经手术治疗后，症状一般可得到有效改善。
