慢性咽炎的症状主要以咽喉不适症状为主，其危害主要和各种并发症有关。
慢性咽炎发病期间患者容易反复出现嗓子干痒、疼痛、咽喉异物感以及声音嘶哑等临床表现，对于患者日常生活和工作会造成一定的影响。其危害主要考虑和慢性咽炎急性发作期间引发的各种并发症有关。慢性咽炎急性发作期咽喉部位的炎症如果上行有可能会引发鼻炎、鼻窦炎、中耳炎或脑炎、脑膜炎等颅内感染性疾病。炎症下行期间可以引发扁桃体炎、气管炎、肺炎等呼吸系统感染性疾病。另外咽炎所引发的免疫反应会引发慢性肾小球肾炎、肾盂肾炎的肾脏疾病，而肾脏疾病如果得不到有效的控制，严重者会危及患者生命。
