病毒性脑膜炎在大部分情况下是一种良性的自限性的疾病，病程短，治愈率高。针对病毒性脑膜炎的治疗，主要分为三个步骤：其一、针对病因的治疗，服用核苷类似物、蛋白酶抑制剂等抗病毒治疗药物，具体药物的选择应在腰椎穿刺抽取少量脑脊液后，对脑脊液进行病毒分离检测，针对具体病毒感染类型选择具体的用药。其二、对症支持治疗，针对患者出现的头痛、恶心呕吐及颅内高压的临床表现，给予退热、镇痛、补液、抗感染、脱水降颅压及保肝护胃等治疗方法。其三、当合并有脑炎等其他并发症时，及时行针对并发症的治疗措施。
