冷冻治疗扁平疣一般不会留疤，但是并非具有绝对性，有部分患者选择冷冻治疗扁平疣也会留下疤痕。比如，疤痕体质者应用冷冻治疗等物理性治疗方法时，局部也有可能会出现疤痕增生。而一些皮肤自我修复能力较差的患者在冷冻治疗后，由于局部组织很难完全修复，所以也容易留下疤痕。需要注意的是，冷冻治疗不可多次应用，若是多次在同一部位应用冷冻治疗去除扁平疣，局部皮肤组织受到过度刺激也很难修复，或多或少也会留下疤痕问题。
