针对不同的病因进行系统性的治疗，慢性结膜炎大多数是可以治愈的。
由于慢性结膜炎是由不同病因的急性结膜炎演变而来，或毒力较弱的病原菌感染所致的，治疗原则为去除病因、抗感染治疗。多见于鼻泪管阻塞或慢性泪囊炎患者，或慢性睑缘炎或睑板腺功能异常者，表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、摩拉克菌是慢性结膜炎常见的病原体。
治疗时首先局部使用广谱抗生素眼药水，之后再根据病因进行针对性治疗，合理使用抗生素、激素等药物。同时可以根据患者的实际情况全身或联合用药，争取在一个较短的治疗周期内缓解症状，避免病情的进一步发展。
