造血干细胞移植后口腔溃疡建议进行对症治疗，必要时抗感染治疗。
造血干细胞移植后口腔溃疡考虑维生素缺乏可能性大。造血干细胞移植后食欲明显下降，维生素摄入不足，部分患者服用药物后会导致维生素丢失过多，所以就容易发生口腔溃疡，建议补充维生素C。
其次就考虑是由于口腔内感染所致，一般情况下会有反复发热、咳嗽等症状，大部分是病毒感染所致，主要是进行对症治疗。但是如果是细菌感染，建议及时进行抗感染治疗。保持口腔内的清洁卫生，降低发生感染的概率。
