静脉窦血栓的治疗可以分为对因及对症治疗。
首先静脉窦血栓的形成，可能是血管炎症、高血压、高血脂等疾病造成静脉血管壁的病变，还有可能是免疫系统功能异常，造成免疫复合物异常沉积形成静脉窦血栓。
根据其产生的病因不同，可分别给予抗感染、药物降压、降脂治疗高血压、高血脂等基础疾病，还可以给予糖皮质激素及免疫抑制剂调节免疫功能。
对症治疗主要是针对静脉窦血栓引起的静脉回流受阻，造成脑水肿、脑积水的情况，可给予抗凝、利尿、脱水、降颅压等治疗，也可以进行脑室引流、静脉搭桥等手术治疗。
