胆囊结石的病因非常复杂，有些是不可逆转的因素，如年龄增长、女性性别、种族、基因和家族史；有些是后天因素，是可逆的，例如怀孕、肥胖、低纤维含量、高热量饮食和长时间禁食。
胆囊结石的发病率随着年龄的增长而增加。如果发生在儿童时期，则主要与溶血或先天性胆道疾病有关。最常见发病年龄在40至50岁之间。超声诊断研究结果显示，男女发病比例约为1：
2，女性胆囊结石以胆固醇性结石多见。女性胆固醇性结石的高发病率可能与胆汁中胆固醇分泌增加，总胆汁酸含量和雌激素活性降低有关，而黄体酮会影响胆囊收缩并导致胆汁淤积。
