怀孕45天药流是否能流干净，不能一概而论，因为每个人对药物的敏感性不同，其次胚胎的大小，还有着床的位置，这些都会影响到药物流产的成功几率，药物流产的成功几率约为70%-80%左右。
药物流产前还要前往医院完善B超检查，首先要了解是宫内怀孕还是宫外怀孕，只有确定是宫内怀孕后才可以使用药物流产。药物流产一段时间要前往医院完善B超检查，能判断是否流产干净。
如果药流不干净，则需要在医生的指导下及早进行清宫手术，以免胚胎长时间在宫腔内残留导致感染。
