肾小球肾炎的病因可分为原发性、继发性和遗传性三大类。原发性肾小球疾病大多原因不明，继发性肾小球疾病是指继发于全身性疾病的肾脏损害，如狼疮性肾炎、糖尿病肾病等，遗传性肾小球疾病是指遗传基因突变所致的肾小球疾病。
如临床常见的急性肾小球肾炎，其中很多是因细菌、病毒、原虫感染而诱发的，常见于呼吸道或皮肤感染，如扁桃体炎、猩红热、丹毒等。链球菌感染后产生免疫反应，血循环免疫复合物可沉积在肾小球基底膜，损害肾脏。
其次，肺炎双球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎杆菌、乙型肝炎病毒、巨细胞病毒等感染后均可发生肾炎。
