大部分尿蛋白是由肾脏疾病引起的，治疗的关键是控制原发疾病。临床上常用于治疗肾病的药物有糖皮质激素、细胞毒药物及免疫抑制类药物，这些药物都需根据患者自身情况和疾病情况及时调整用量，一定要严格遵守医嘱，定期复诊调整药物用量。
还可应用 ACEI或ARB类药物治疗尿蛋白。由糖尿病、高血压等导致的继发性肾脏疾病，出现尿蛋白，主要是积极治疗原发病，控制血糖、血压在理想范围，可根据病情选用降压药物并降尿蛋白治疗。
除此之外，大量脱水、剧烈运动、巨大压力也会导致尿蛋白，多为一过性尿蛋白，去除诱因后尿蛋白可消失。因此找到原发疾病，针对病因治疗原发病是控制尿蛋白的根本。
