指甲上有小坑的原因有很多，具体如下：
1、手指甲上出现小凹坑的症状，要考虑是否因为贫血或者缺乏微量元素引起的。可以进行抽血化验，明确是由于哪种微量元素缺乏，然后及时的进行补充即可。
2、指甲盖有小坑，也可能是灰指甲的前期症状，因为灰指甲的致病菌寄生在甲板里和甲床上，从而造成对指甲的侵蚀而形成的小坑症状。
此外，有部分银屑病的患者，因为角质层细胞堆积在一起，皮肤上表现为厚层鳞屑，所以指甲上面可能会出现凹凸不平的现象。建议出现以上症状应该要尽快就诊，明确具体诊断，然后再做治疗。
