三个月宝宝拉绿色大便的原因有很多，具体如下：
1、可能是由于感冒或者消化不良等因素而造成，部分的胆绿素不能够转化为粪便大黄素，孩子的大便就会呈现绿色的症状。
2、有部分宝宝在服用益生菌之后，也可能会出现大便绿色的表现，如果没有其他异常症状，可以先暂时观察，不予处理。
3、大便出现绿色的原因和母乳喂养也有很大的关系，如果母体的饮食不合理，蛋白质以及脂肪摄入过多，就会造成宝宝出现拉绿色大便的情况。
此外，胆道、胃肠道疾病都会影响孩子的大便颜色，同时还会造成一些明显异常的表现，应该尽快就诊。
