指甲有小坑主要原因为：
1、灰指甲：指甲盖有小坑属于是灰指甲的前期症状。导致这种现象的原因是灰指甲的致病菌寄生在甲板里和甲床上，从而造成对指甲的侵蚀而形成的小坑症状。
2、外伤：甲床受到损伤，造成了甲床局部出现凹陷，甲板在贴紧甲床向远端生长的过程当中也会出现凹陷生长，从而表现为指甲出现个小坑。
3、其它因素：多见于手部的湿疹、手癣以及扁平苔癣，某些病例可能和遗传有关系。
指甲盖出现小坑应该及时到医院进行检查和治疗。
