二价和四价宫颈癌疫苗的区别在于针对的HPV病毒类型不同。
二价宫颈癌疫苗主要针对HPV病毒高危亚型的16、18型进行预防。四价宫颈癌疫苗除了针对16、18两种高危亚型外，还可预防6和11两种低危亚型。
HPV16、18两种高危型HPV病毒导致女性宫颈癌的概率达70%，二价HPV疫苗可以有效地预防由HPV16、18型引起的宫颈癌作用，对其他类型病毒导致的感染同时具有有交叉保护作用。HPV6和11两种低危亚型病毒不会引起宫颈癌，但可导致尖锐湿疣，所以四价疫苗除了具有预防宫颈癌的作用之外，还能预防尖锐湿疣，这也是二价疫苗不具备的。
