月经干净后有褐色分泌物可能是经血与白带混合在一起呈现出的褐色，这种情况是正常的生理表现。宫颈糜烂、子宫肌瘤及子宫内膜炎等也会导致褐色分泌物的出现，建议女性此时去医院做下妇科检查。
或是黄体功能不全不足以支持分泌期子宫内膜充分发育，
其次还有黄体萎缩不全等。宫内节育器的安置也会出现月经后褐色分泌物的现象。药物影响、子宫病变、妇科炎症、卵巢病变，环境、神精因素，内分泌失调都可能引起月经干净之后出现黑褐色分泌物。
