包茎内长小疙瘩首先要明确病因，然后再根据患者的实际情况进行处理。
包茎内侧长小疙瘩可能是尖锐湿疣导致的。尖锐湿疣是由于感染了人乳头瘤病毒而导致的传染性疾病。在病症的初期会在生殖器表面出现较小的疣体，且疣体的数量会逐渐变多，疣体的面积会逐渐增大，当疣体增大后表面呈现凹凸不平的菜花状或人乳头状。可以在医生的建议下进行二氧化碳激光疗法或冷冻疗法，将疣体祛除。
多发性脂囊瘤也可能会使包茎内侧出现小疙瘩，且因脂囊瘤而导致的小疙瘩是可以移动的，在疙瘩的中央顶部会有凹陷，多呈肤色或黄色。可以在医生的建议下将多发性脂囊瘤切除或使用电干燥疗法治疗。
