藿香正气水是不能治疗灰指甲的。因为灰指甲是指甲中感染了真菌导致的,治疗灰指甲时,可以遵医嘱使用一些抗真菌的药物来治疗,而藿香正气水是用来治疗感冒、胃肠道疾病之类的药物,藿香正气水中可能还含有酒精,但是酒精可以用来杀灭细菌,并不能杀灭真菌,所以治疗灰指甲时,使用藿香正气水是不能治疗的。如果感染了灰指甲,要及早的到医院遵医嘱积极的治疗。平时还要做好个人卫生,把自己的洗护用品分开摆放,因为灰指甲具有传染性。