治疗方式包括手术治疗、药物治疗、其他治疗等。具体手术方式的选择是由病变的位置来决定，盆腔病变首选腹腔镜，目前认为“腹腔镜检查 手术 药物治疗”是金标准治疗方案。药物治疗的目的是为了抑制卵巢功能、使内异症病灶萎缩并阻止或延缓其复发。包括非甾体抗炎药、口服短效避孕药、促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a），孕三烯酮、达那唑，以及曼月乐宫内节育器。
