HPV四价和九价疫苗的区别是作用的病毒亚型和数量不同。HPV疫苗是通过预防HPV病毒感染，从而有效的预防女性宫颈癌和男、女生殖器癌以及生殖器疣发病的疫苗。目前为止，应用于接种的HPV疫苗有三种，包括HPV 二价疫苗、HPV 四价疫苗、HPV 九价疫苗，三种疫苗适用的年龄不同，作用的病毒亚型数量也不同，二价疫苗预防HPV16、18两种亚型，四价疫苗防治HPV16、18、6、11四种型病毒，而九价疫苗可以防治6、11、16、18、31、33、45、52和58型病毒。
目前九价疫苗是比较全面的，但适用于26岁以下女性，四价适用于45岁以下，可以根据年龄选择。
