目前在大多数医院，巴氏腺囊肿手术都是日间手术，也就是说，患者是不需要住院的，手术结束后就可以离开医院；但对于部分紧张和无法配合的患者，也可以采取静脉全身麻醉的方式，患者进入手术室后，建立静脉通道，麻醉药品从静脉注入，患者即可入睡。手术过程中，持续从静脉注入麻醉药品，以此维持患者的麻醉状态；手术结束，停止注入麻醉药品，等待一段时间后，患者能够自然醒来，等患者神志恢复正常后，即可离开医院了。但是，目前大多数巴氏腺囊肿手术，是不需要麻醉的。
