意外怀孕药流最佳时间一般在40天左右。药物流产是通过药物让胚胎的绒毛坏死,然后再使用药物让子宫收缩,将坏死的胚胎排出在子宫腔以外。药物流产的时间一般在停经七周之内,也就是49天之内,但是最佳的时间是在40天左右。因为如果时间太早,胚胎比较小,通过B超检查无法看到妊娠囊,无法是否为宫内妊娠,就不适合做药物流产。而如果时间太晚,妊娠囊比较大,发生流产不全、药流失败的风险会有所升高。所以说49天之内都可以进行药物流产,但最佳时间一般在40天左右。