多囊卵巢综合的病因尚不清楚，一般认为和下丘脑垂体卵巢轴功能异常、肾上腺功能紊乱、遗传、代谢等因素有关。肾上腺功能亢进，过高的雄激素以及过高的促黄体生成素，阻碍卵泡的健康成长，使众多的卵泡都处在早卵泡期，也就是在2-9毫米的情况，不能长大成熟，更不能排卵，导致月经紊乱或闭经。
双侧卵巢多囊样的改变只是多囊卵巢综合征诊断的标准之一，还需要结合月经的变化，如出现月经的稀发或者闭经。还有一条是高雄激素的检验指标，或者是高雄激素的临床指标，如多毛、痤疮、毛孔粗大等，三条符合两条，才能诊断为多囊卵巢综合征。
