并非所有空孕囊都可以自然流产，一旦确诊空囊，如果没有感染、身体健康（比如没有中重度贫血、凝血功能异常、肝肾功能异常等），可以采取期待治疗，等待胚胎主治自然排出，大约80%左右可以自然排出。可以观察7～14天，每周进行超声检查1次。
超过14天仍没有排出，需要选择选择药物流产或人工流产，否则万一自然流产不完全或稽留流产造成感染、凝血异常甚至大出血等情况。如流产2次以上，建议保留流产组织检测染色体。
