病毒性脑炎的患者早期会出现前驱症状如发热、乏力、肌肉酸痛、咳嗽、腹泻等。有的患者会有头痛、恶心、呕吐等颅内压增高症状。累及到大脑皮层会出现精神及意识障碍，如嗜睡、谵妄、甚至精神错乱等。还会出现癫痫，表现为局部或全身的肌肉的抽搐等。累及脑膜会出现颈部疼痛、僵硬、颈强直等脑膜刺激症状。有些患者会有局灶神经功能缺失体征，如偏瘫，失语、锥体束征等。卧床患者会出现肺感染、褥疮、深静脉血栓以及肺栓塞等并发症状。
