宫颈囊肿绝大数情况下是子宫颈生理性的变化，是由于各种原因导致了宫颈管的腺管口堵塞，导致腺体分泌物引流受阻形成了囊肿。
子宫颈囊肿的形成过程，是子宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮的过程，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈管腺口或伸入管腔，将腺管口堵塞，导致腺体分泌物引流受阻，形成宫颈囊肿。
一般情况下宫颈囊肿也不会就是完全堵塞到宫颈口，因此宫颈囊肿一般不会影响怀孕的。
