由于真菌的类型不同，所以感染真菌出现的症状也会是不同的。而且，如果真菌感染出现在不同的部位，表现的症状也可能是不相同的。比如，如果真菌感染皮肤可以出现脚癣、体癣、股藓及灰指甲等。如果真菌感染呼吸道可以出现肺真菌病，出现刺激性咳嗽，咳痰，发热等症状。如果真菌感染消化系统可以出现进食不适，吞咽困难等症状。如果真菌感染口腔则可以出现鹅口疮。
