生化妊娠的主要原因包括胚胎染色体异常、母体内分泌因素、子宫因素、免疫因素、精液质量问题、生活方式因素、环境因素、凝血功能异常、心理压力过大以及不明原因等。生化妊娠的发生通常是由于受精卵在着床前或着床早期发育异常，导致自然淘汰，是一种早期流产的表现。多种因素单独或共同作用均可引起生化妊娠，其中胚胎染色体异常是最常见的原因。
胚胎染色体异常是导致生化妊娠的首要因素，约占早期流产的50%以上。母体内分泌因素如黄体功能不全、甲状腺功能异常、高泌乳素血症等会影响子宫内膜容受性和胚胎发育。子宫因素包括子宫内膜异常、子宫肌瘤、子宫畸形、宫腔粘连等会改变宫腔环境，不利于胚胎着床。免疫因素如抗磷脂抗体综合征、自身免疫性疾病等会导致免疫系统攻击胚胎。精液质量问题如精子DNA碎片率高会影响胚胎质量。生活方式因素如吸烟、饮酒、咖啡因摄入过量、营养不良等会增加生化妊娠风险。环境因素如接触有害物质、辐射等也会对胚胎发育产生不良影响。凝血功能异常如血栓前状态会影响胎盘形成。心理压力过大可能通过神经内分泌途径影响妊娠维持。仍有约30%的生化妊娠原因不明。
对于有生化妊娠史的女性，建议在备孕前进行全面的孕前检查，包括染色体分析、内分泌功能评估、子宫环境检查、免疫学检测等，同时改善生活方式，戒烟戒酒，限制咖啡因摄入，避免接触有害物质，保持适度运动，减轻心理压力，在医生指导下补充叶酸等营养素，并在怀孕后及时进行孕早期监测，以提高妊娠成功率。
