避孕套的坏处包括可能引起过敏反应、影响性体验敏感度、存在破裂或滑脱风险、不能完全预防所有性传播疾病、需要正确使用才能保证效果、可能影响亲密感，以及少数人可能对乳胶过敏。
避孕套可能引发局部过敏反应，表现为瘙痒、红肿或不适。部分使用者反映其降低了性器官的敏感度，可能影响性快感。尽管正确使用时安全性高，但仍存在破裂或滑脱的可能性，导致避孕失败。虽然能显著降低性传播疾病风险，但无法完全预防所有疾病，如通过皮肤接触传播的疾病。只有全程正确使用才能确保其防护效果，任何使用不当都会降低有效性。有些人认为避孕套阻碍了直接的皮肤接触，影响了亲密感。有少数人可能对乳胶材料过敏，需要选择聚氨酯等其他材质。
使用避孕套时应选择合适尺寸，检查生产日期和有效期，使用前注意包装完好，使用前挤出前端储精囊内空气，射精后应在阴茎未完全疲软时立即按住套口取出，避免重复使用，并妥善处理废弃物。
