口服甲硝唑主要用于治疗厌氧菌感染、滴虫病、阿米巴病、贾第鞭毛虫病以及多种口腔、妇科和肠道感染性疾病，具有强大的抗菌和抗原虫作用。
甲硝唑通过抑制病原体DNA合成，干扰其细胞增殖，从而发挥抗菌和抗原虫效果，特别对厌氧菌有显著抑制作用，常用于治疗腹腔、盆腔、肺部等部位的厌氧菌感染，以及滴虫性阴道炎、阿米巴痢疾、贾第鞭毛虫病等寄生虫感染，在口腔科用于治疗牙周炎、冠周炎等口腔厌氧菌感染，妇科用于细菌性阴道病、滴虫感染等，肠道方面用于治疗阿米巴肝脓肿和肠炎，使用时需注意禁酒，可能引起恶心、呕吐、头痛、金属味等副作用，长期使用需监测神经系统症状，孕妇慎用，服药期间应避免饮酒及含酒精制品。
服用甲硝唑期间应严格遵循医嘱，按时按量服药，完成整个疗程即使症状有所缓解也不应自行停药，同时注意观察身体反应，如出现严重不良反应如皮疹、癫痫发作、周围神经病变等应立即就医，服药期间及停药后三天内避免饮酒及食用含酒精的食物和药物，保持充足休息，饮食宜清淡，避免辛辣刺激性食物，并注意个人卫生，特别是治疗妇科感染时，应遵医嘱配合伴侣共同治疗，防止交叉感染。
