常吃大豆异黄酮可能对某些人群造成激素平衡紊乱、甲状腺功能抑制、消化系统不适、药物相互作用风险、过敏反应、雌激素水平异常波动以及特定健康人群（如乳腺癌患者）的不良影响。
大豆异黄酮作为植物雌激素，可能干扰人体内源性激素的正常功能，导致激素水平失衡，尤其对内分泌敏感人群影响更为显著。它可能抑制甲状腺过氧化物酶活性，干扰甲状腺激素合成，对已有甲状腺功能异常者风险增加。部分人可能出现腹胀、腹泻、恶心等消化不适症状。同时可能与抗凝血药、甲状腺药物、某些化疗药物等发生相互作用，影响药效或增加副作用风险。过敏体质者可能出现皮疹、瘙痒等过敏反应。长期过量摄入可能导致体内雌激素水平异常波动，对生殖系统产生潜在影响。乳腺癌、子宫内膜异症患者及孕妇、哺乳期妇女等特殊人群应慎用，以免加重病情或对胎儿、婴儿产生不良影响。
在日常饮食中，建议适量摄入大豆异黄酮，避免长期大剂量补充，特殊人群在使用前应咨询医生意见，同时注意观察身体反应，如有异常应及时就医调整。
