对于HPV阳性但尚未感染疫苗所覆盖HPV型别的个体，接种HPV疫苗可能提供一定的保护作用；而对于已经感染疫苗所覆盖HPV型别的个体，接种疫苗的效果可能有限。
HPV病毒存在多种亚型，HPV阳性仅代表当前感染特定亚型，并不意味着感染了所有疫苗覆盖的型别。
例如，若感染的是HPV52型，而接种的是九价疫苗（覆盖HPV6、11、16、18、31、33、45、52、58型），疫苗仍可预防未感染的31、33、45等高危型别，从而降低其他型别引发的宫颈癌风险。世界卫生组织及美国疾控中心均指出，即使已感染某种HPV型别，接种疫苗仍能获得其他型别的保护作用，尤其对未发生性行为或感染型别较少的人群效果更明显。
需注意的是，HPV疫苗属于预防性疫苗，对已感染的型别无治疗作用，也无法清除现有感染。若感染的型别恰好属于疫苗覆盖范围（如HPV16型阳性者接种九价疫苗），疫苗对已感染型别无额外预防效果，但可预防其他未感染型别。
此外，HPV阳性者接种疫苗后抗体水平可能低于未感染者，保护效力相对有限，但仍建议通过分型检测明确感染亚型后，针对性选择疫苗接种。接种后仍需定期进行宫颈癌筛查，疫苗不能替代常规防癌检查。
