胚胎染色体异常目前无法直接治疗，只能通过产前诊断和选择性流产来避免患病孩子的出生。
胚胎染色体异常的治疗涉及多个方面。遗传咨询是必不可少的，可以帮助夫妇了解染色体异常的风险、遗传方式、再发风险以及各种治疗方案。产前诊断技术如羊水穿刺、绒毛取样和脐血取样可以在怀孕期间检测胎儿的染色体组成，如果发现异常，夫妇可以选择继续妊娠、选择性流产或进行进一步的诊断。植入前遗传学诊断（PGD）适用于有高风险染色体异常的夫妇，可以在体外受精过程中筛选出染色体正常的胚胎进行移植，从而避免染色体异常胎儿的出生。虽然基因治疗在理论上可以纠正染色体异常，但目前仍处于研究阶段，尚未广泛应用于临床。对于已经出生的染色体异常患儿，需要长期随访和管理，包括定期的医学检查、生长发育评估、心理支持和特殊教育等，以帮助他们最大限度地发挥潜能，提高生活质量。
在日常生活中，夫妇双方应注意保持健康的生活方式，均衡饮食，适量运动，避免接触有害物质和辐射，以降低生育染色体异常患儿的风险。对于有家族染色体异常史的夫妇，更应重视孕前检查和遗传咨询，并在医生的指导下进行生育计划。
