胚胎停止发育的原因多种多样，主要包括染色体异常、环境有害物质影响、母体自身健康状况不佳、免疫排斥反应、激素水平失衡、父亲精子质量差、子宫内部环境不适宜以及过大的精神压力等。
具体来说，遗传因素方面，染色体数目或结构异常是早期胚胎停育最常见的原因，可能是遗传自父母，也可能是胚胎自身发育过程中出现异常；环境因素方面，接触有毒有害物质，如化学物质、辐射等，以及不良的生活习惯，如吸烟、酗酒等，都可能对胚胎发育造成负面影响；母体因素方面，如果母亲患有某些疾病，如糖尿病、甲状腺疾病、自身免疫性疾病等，或者存在营养不良、年龄过大等情况，都可能影响胚胎的正常发育；免疫因素方面，母体的免疫系统可能会对胚胎产生排斥反应，导致胚胎停育；内分泌因素方面，母体激素水平异常，如黄体功能不足、孕激素水平过低等，无法为胚胎发育提供良好的环境；男方因素方面，精子质量差，如精子活力低、精子畸形率高等，可能导致受精卵质量不佳，进而影响胚胎发育；宫腔环境异常方面，如子宫内膜过薄、子宫内膜息肉、子宫肌瘤等，都可能影响胚胎着床和发育；精神压力方面，长期处于焦虑、抑郁等负面情绪中，可能会影响母体的内分泌系统，进而影响胚胎发育。
为了降低胚胎停止发育的风险，备孕夫妇应积极进行孕前检查，及时发现和治疗潜在的健康问题，保持良好的生活习惯，避免接触有害物质，保持轻松愉悦的心情，均衡饮食，补充叶酸等必要的营养素，为胚胎的正常发育创造良好的条件。
