月经干净三天同房可能不会怀孕，也可能会怀孕，具体分析如下：
正常情况下，女性的月经周期为二十一至三十五天，平均二十八天。如果女性月经规律，一般在下次月经来潮前十四天会发生排卵，称为排卵日。排卵日当天以及前四天、后五天，一共十天，为排卵期。在排卵期内有卵子排出，同房可能会怀孕。月经干净三天并不会发生排卵，所以同房可能不会怀孕。
但是，需要注意的是对于月经不规律的女性来说，排卵时间并不准确的，可能会在月经干净三天发生排卵，所以同房也可能会怀孕。
