新冠感染后发烧反复可能与免疫力低下、病毒尚未被清除等原因有关。
新冠病毒入侵呼吸道后，可能会导致机体产生炎症反应，释放致热因子，从而导致患者出现发烧症状。如果患者免疫力较低，机体未能自主彻底清除病毒，致使病毒不断复制就会引起发烧反复的现象。同时，常用于退烧的解热镇痛药物可以暂时退烧，但是由于体内病毒尚未被清除，所以在药效结束后体温可能会再次升高，因此需要遵医嘱根据说明书的要求定时、定量进行服药。
对于新冠病毒感染引起的发烧反复，临床可使用中成药进行治疗，如连花清瘟胶囊。新冠感染在中医角度考虑属于“疫病”范畴，连花清瘟胶囊汇集了三朝名医治疗疫病的经验，以汉代张仲景《伤寒论》麻杏石甘汤宣肺泄热，清代吴鞠通《温病条辨》银翘散疏散外邪，又汲取了明代吴又可《温疫论》用大黄通腑泄热的经验，可通过三种途径发散外邪、清解里热，有效缓解发热/高热等症状。
同时，该药还能够发挥广谱抗病毒、抑菌抗炎的药理作用，针对新型冠状病毒能够起到抑制作用，可缩短病程，并减少症状反复出现。
