连花清瘟不能与以下几种药物同服：
维生素C是酸性的，连花清瘟中的苦杏仁成分会在胃内水解会产生氢氰酸，酸性叠加增强，会增加氢氰酸的中毒风险。
连花清瘟中的苦杏仁本身有镇咳作用，若再与镇咳药同用，强大的镇咳作用，会使呼吸受到影响。常见的镇咳药有福尔可定、盐酸哌替啶、喷托维林、右美沙芬等。
咖啡因是一种能兴奋神经的药物成分，而连花清瘟中的麻黄也有一定的神经兴奋作用，如果同时服用可能会导致失眠的情况。常见的含咖啡因的药物有氨咖黄敏等。
因为连花清瘟中的麻黄可兴奋中枢神经，而镇静催眠类药物是让神经停止兴奋而进入休眠状态的，两种药物会相互制约，而可能导致药物失效。常见的镇静催眠类药物有氯丙嗪、苯巴比妥等。
连花清瘟含有的成分药性大多偏于寒凉，所以不适合与其他药性偏于寒凉或功效类似的药物合用，如双黄连口服液，以免加大对脾胃的损伤，导致胃部不适、腹胀、腹痛等。
