大姨妈临床称为月经，在来月经前，体温可能会升高。随着月经来潮，基础体温会下降。不同的月经周期，基础体温会随着激素水平变化而变化。
正常育龄妇女的基础体温与月经周期一样，呈周期性变化，这种体温变化与排卵有关。排卵后次日，因卵巢形成黄体，分泌孕激素会使体温上升0.5摄氏度左右，高温期约持续12-16天（平均14天）。
若无怀孕，黄体萎缩停止分泌孕激素，体温下降，回到基本线，月经来潮。若是已经怀孕，因黄体受到胚胎分泌绒毛膜促性腺激素（HCG）支持，转变为妊娠黄体，继续分泌孕激素，体温呈现持续高温的状态。若卵巢功能不良，没有排卵也没有黄体形成，体温呈现持续低温的状态。
一般卵泡期基础体温为36.5℃，黄体期上升0.5℃以上，因而出现双相表现，表示有排卵，若单相型无后期升高的体温曲线，提示无排卵，其准确率为70%~80%。如果在24小时之内，体温增高了0.3～0.6℃，甚至更高，那么表示女性处于排卵的状态。
