怀孕6周突然流褐色血的原因可能是由于先兆流产、内分泌紊乱或者妇科炎症等多种原因导致的，不需要惊慌害怕，应该进一步检查，对症治疗。
如果胚胎染色体异常，母体患有生殖系统疾病影响胚胎着床，受到外界物理撞击等，都可能出现先兆流产。表现为阴道少量棕色点滴出血，腹部痉挛性疼痛或钝痛等。一旦出现上述情况，应该及时检查B超、血HCG等来判断是否是难免流产，并在医生指导下保胎或者终止妊娠。
母体内分泌不足、免疫功能异常，或者女性怀孕后雌激素水平骤然变化等原因，会导致子宫内膜出现部分脱落出血，产生阴道褐色分泌物。出现这种情况需要及时做妇科检查，注意休息和营养，及时补充体力，增强免疫力。
宫颈炎、阴道炎、盆腔炎等妇科炎症，子宫内膜息肉、宫颈息肉、宫颈柱状上皮异位等生殖系统病变，都可能产生褐色分泌物。建议到医院做妇科检查，包括腹部B超检查等，明确病因，对症治疗。比如宫颈息肉可以做手术切除。
孕期应时刻注意保持外阴清洁卫生，避免孕期性生活，定期检查。
