宫颈柱状上皮异位的病因通常有以下几种：
宫颈柱状上皮异位一般是指因雌激素的作用，宫颈管内口柱状上皮外移至宫颈管外口，属于一种生理现象。由于柱状上皮菲薄，其下间质透出，呈红色，肉眼看似糜烂，因此称为宫颈柱状上皮异位。
女性如果经常采用浓度较大的消毒剂，或者洗液去清洁外阴，容易影响女性阴道内正常菌群的生长，导致菌群失调，或者造成不同程度的宫颈上皮损伤，最终导致宫颈柱状上皮异位。
正常女性由于处女膜的保护作用，阴道内微生态环境处于平衡状态，一旦有了性生活，性生活时阴茎与宫颈直接接触，如果男性不注意卫生，可以直接把病菌带入阴道，最终导致宫颈柱状上皮异位。
如女性进行多次人工流产，可能会造成不同程度的宫颈损伤，从而导致致病菌的侵入，引起宫颈炎。如不及时治疗，由于炎症的刺激，局部分泌物增加，宫颈长期浸泡在炎性分泌物内，就会引起宫颈柱状上皮异位。
女性月经来潮期间阴部一直处于潮湿的状态，如果女性没有及时更换卫生棉，由于卫生棉内的分泌物和潮湿的环境的影响，容易滋生细菌，最终导致宫颈柱状上皮异位。
