一般情况下，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种分型，当病变发生在卵巢时，被称为巧克力囊肿。
子宫内膜异位症是子宫内膜在除了子宫腔以外的组织生长所引起的一种疾病，遗传基因、经血倒流等因素均有可能诱发子宫内膜异位症。当子宫内膜转移至卵巢，在卵巢内异位生长时，因其保留了原有的特性，会出现周期性的增厚、脱落，但经血没有排出渠道，只会不停堆积，最终形成积血性囊肿。
囊肿内容物为深褐色，质地黏稠，形似巧克力，因此命名为巧克力囊肿。患者可出现明显的盆腔疼痛，疼痛形式较多，如痛经、性交痛等。月经期间可能因为经血生成过多导致囊肿破裂，此时可能引发较为强烈的腹痛。除此之外，患者还可能出现月经增多、经期延长、难以受孕等症状。
巧克力囊肿的患者应及时就医，在医生的指导下选择合适的方式进行治疗。常见的治疗方法有药物治疗、手术治疗等。疼痛严重的患者可遵循医嘱使用阿司匹林、布洛芬等药物紧急止痛，月经异常的患者可使用米非司酮、醋酸甲地孕酮等药物调节月经，也可使用醋酸亮丙瑞林等药物抑制卵巢功能，抑制病情发展。手术治疗主要是通过切除囊肿恢复卵巢正常功能，无生育要求的患者也可切除子宫及其附件，达到根治性治疗的目的。
