一般来说膀胱镜检查不会很痛苦，但会有一定的不适感，男性的不适感会比女性的明显些。
膀胱镜检查是泌尿外科的一项有创检查，检查时会给予尿道黏膜局部麻醉，减轻病人的不适感。大多数女性在做膀胱镜检查时，通常不会觉得疼痛或不适，少数女性对疼痛敏感。男性的尿道比女性长，弯曲多，膀胱镜进入的时间增多，不适感相应增加。
如果做完膀胱镜检查后，尿道出现灼痛，建议多喝水利尿，视情况使用止痛剂缓解。还可适当服用抗菌药预防感染。如出现发热、严重的血尿、疼痛等情况时，应及时回诊。
