子宫内膜异位症是有可能会治好的，虽然子宫内膜异位症可能存在较高的复发率，但是通过规范的手术以及术后辅助用药，往往能够减少其复发。一般子宫内膜异位症可以存在在卵巢上，形成卵巢巧克力囊肿，也可以生长在盆腹腔内的任何脏器上，引起相应的临床症状。
子宫内膜异位症的治疗方案，因病情的轻重，患者的年龄和生育情况而有所不同。如病情较重，或表现为严重的痛经，或盆腔检查发现有肯定的内膜异位结节，就必须采取药物或手术治疗。
用孕激素类药物，以更大的剂量不间断地长期服用，使得月经停止来潮，子宫内膜及异位的子宫内膜在药物作用下发生类似妊娠的反应，所以又叫假孕疗法。口服的主要有安宫黄体酮、普维拉、内美通等，肌注的有己酸孕酮。这种疗法至少要持续六个月，才可以使异位内膜停止活动，最后发生萎缩，从而产生疗效。
一般认为卵巢上发生的巧克力囊肿，病变体积往往较大，或发生在其他部位的子宫内膜异位结节，直径在2厘米以上者，不易用药物控制，而需要手术治疗。或者经过六个月甚至一年的药物治疗，病情仍不见好转，也应考虑手术切除。如果患者年轻，没有子女，手术时一般只将内膜异位的病变切除，而将子宫和正常卵巢组织保留下来，称为保守性手术。这种手术保留了生育的可能性，但复发机会较大。
如已有子女且患者年龄较大（大于35岁），可以在切除内膜异位病变的同时，切除子宫，但保留正常的卵巢组织，称为半保守手术。
