怀孕5周有褐色分泌物考虑先兆流产、宫外孕以及阴道炎的可能性比较大，具体处理措施如下：
怀孕5周有褐色分泌物考虑先兆流产的可能性比较大，先兆流产时的典型症状为阴道少量出血或阴道出现褐色分泌物，随后可逐渐出现阵发性下腹痛或腰痛。其病因较多，比如母体生殖器官异常、患有全身性疾病；胚胎染色体异常；父亲的精子染色体异常等。确诊先兆流产后，需积极保胎治疗，常用的药物有黄体酮等，需遵医嘱服用。
宫外孕早期和正常怀孕一样，无明显不适。随着受精卵的生长发育，可压迫局部组织，使其发生破裂、出血，血液与阴道分泌物混合，即可表现为褐色分泌物。确诊宫外孕以后，首选遵医嘱使用甲氨蝶呤治疗，必要时需手术终止妊娠。
怀孕5周有褐色分泌物还需考虑阴道炎的可能，通常伴有外阴瘙痒等不适。针对阴道炎，需就诊明确致病菌以后，再进行针对性治疗。如外阴阴道假丝酵母菌病，可遵医嘱使用克霉唑栓等。同时在日常生活中需注意勤清洗会阴部，勤更换内裤，保持局部清洁、干燥。
