新生儿甲减通常在出生两周内治疗，越早治疗效果越好。
新生儿甲减如果发现的比较及时，并且在出生两周内开始治疗，多数的新生儿神经系统发育和智力水平能够恢复的比较好。如果没有及时发现新生儿甲减的情况，并且没有及时进行治疗，可能会导致新生儿智力低下，并且会影响到日后的生活，还可能会缺乏甲状腺激素，从而导致身体发育缓慢、身材矮小等症状。
新生儿甲减通常需要在医生的指导下使用药物进行治疗，比如左甲状腺素钠片、甲状腺片等，在使用以上药物治疗期间，新生儿生长的速度会比较快，可以适当的补充一些维生素D补充营养。
