肛周湿疣可通过药物治疗、物理治疗或者手术治疗的方法进行处理。
可遵医嘱使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏等药物进行治疗。
常用的有冷冻疗法、激光疗法和光动力疗法。冷冻疗法主要是通过液氮或者冷冻器喷射在局部进行冻融治疗；激光疗法是将疣体烧灼去除；光动力疗法主要是在疣体中注射光敏剂，然后使用红光照射后引发细胞坏死和细胞凋亡，进而去除疣体。
如果肛周湿疣的体积较大，可通过手术切除的方法进行治疗。
肛周湿疣的患者在治疗期间禁止同房，也不要和他人共用浴巾、浴缸以及马桶垫等，避免传染给他人。
