通常情况下，生化妊娠是由以下几种原因引起的：
胚胎染色体异常一般是生化妊娠比较常见的原因，染色体异常主要包括数目异常和结构异常。胚胎质量不佳，就会影响胚胎顺利植入，从而出现生化妊娠的情况。
如果母体存在一些全身性疾病、生殖器异常、内分泌异常、强烈应激、不良习惯、免疫功能异常等，容易导致胚胎质量下降，或者是影响卵母细胞或胚胎的发育，使胚胎的植入受到影响，会导致出现生化妊娠。
如果精子的染色体出现异常，会影响胚胎质量，导致胚胎发育不良，影响胚胎的植入，也会导致生化妊娠。
如果过多接触放射线和甲醛、苯、砷、铅、氯丁二烯等有害的化学物质，也容易出现生化妊娠。
比如长期抽烟喝酒、糖尿病、甲状腺功能紊乱等，也可能引起生化妊娠。
