HPV疫苗可以在女性月经期间正常接种，月经期不是接种疫苗的禁忌证，不会影响疫苗的免疫效果。但是建议尽量避开月经期。
有些女性在月经期会出现痛经的情况，注射HPV疫苗后也有可能出现头晕、乏力、恶心等症状。HPV疫苗含有一定量的病毒物质，进入体内之后，是需要依靠人体自身的免疫系统来进行代谢，使机体产生免疫效果。但是，在女性来月经的时候，由于身体比较虚弱就容易发生不良反应。所以接种疫苗可能会加重不适的症状，因此建议在月经期过后再注射HPV疫苗。
此外，如果出现以下情况，也是不建议注射HPV疫苗的：
- 接种前有发热或近期有发热症状，需要医生根据症状的严重程度和病因，评估后再决定是否需要推迟接种，仅有低热和轻度上呼吸道感染并非接种的绝对禁忌。
- 对HPV疫苗中的任何一种成分严重过敏的人不应该接种该疫苗。
- 患有中度或重度疾病、急性严重发热疾病时，应等待疾病好转后再接种。
- 妊娠期间避免接种。尚未发现HPV疫苗对妊娠期女性有不良影响，但因现有数据有限，妊娠期注射HPV疫苗安全性有待进一步验证，所以尽量不要在妊娠期接种。
- 备孕期间不建议接种，接种完HPV疫苗后建议6个月后再怀孕，但发现已经怀孕时需要中断接种，待生产后再进行接种。
